慢性肠胃炎的药物治疗需根据具体症状选择，一般常用药物有抑酸剂、胃黏膜保护剂、益生菌等。比如抑酸剂中的质子泵抑制剂，像奥美拉唑等，可抑制胃酸分泌，缓解因胃酸过多引起的胃痛等症状。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，常见的有奥美拉唑、兰索拉唑等。它们通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后一步，从而减少胃酸对胃黏膜的刺激，一般可用于缓解慢性肠胃炎患者因胃酸过多导致的烧心、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：如雷尼替丁、法莫替丁等，通过阻断胃壁细胞上的H₂受体，减少胃酸分泌，对缓解慢性肠胃炎患者的胃酸相关症状也有一定作用，但抑制胃酸分泌的强度相对质子泵抑制剂稍弱。
胃黏膜保护剂类药物
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，还能在胃黏膜表面形成一层保护膜，覆盖受损的胃黏膜，防止胃酸、胆汁等对胃黏膜的进一步损伤，常用于缓解慢性肠胃炎引起的胃痛、胃胀等不适。硫糖铝：能在溃疡面或炎症处形成保护膜，促进黏膜再生和溃疡愈合，对慢性肠胃炎的胃黏膜修复有一定帮助。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，可调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性肠胃炎导致的肠道功能紊乱，如腹泻、腹胀等有一定的调节作用。枯草杆菌二联活菌颗粒：其中的枯草杆菌和肠球菌等有益菌能恢复肠道正常菌群，抑制有害菌的生长，有助于维持肠道微生态平衡，缓解慢性肠胃炎引起的肠道不适症状。
其他对症药物
促胃肠动力药：如果慢性肠胃炎患者伴有消化不良、腹胀等症状，可使用多潘立酮等促胃肠动力药，促进胃肠蠕动，帮助消化，缓解腹胀等不适。但这类药物需在医生指导下合理使用，尤其是有心脏病等基础疾病的患者要谨慎。止泻药：当慢性肠胃炎患者出现腹泻症状时，若腹泻较严重，可短期使用蒙脱石散等止泻药，它能吸附肠道内的病原体和毒素，起到止泻的作用，但不宜长期大量使用。