HPV目前没有特效的治疗药物，临床上常用的药物有以下几类情况：
抗病毒类药物
干扰素： 它是一类具有多种功能的活性蛋白质，可通过与细胞表面受体结合，诱导细胞产生多种抗病毒蛋白，抑制病毒在细胞内的复制。比如重组人干扰素α-2b凝胶，一般需要持续使用一段时间，可能需要数周甚至数月，具体使用时长需根据病情等因素由医生决定。不过它对于不同亚型HPV感染的疗效有差异，部分人使用后可以促进机体清除HPV，但不是对所有感染者都能完全清除病毒。咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，通过刺激局部机体的免疫反应来发挥作用。通常每周使用3次，在患处涂抹，用药后局部可能会出现红斑、糜烂等反应，一般在继续用药或停药后可缓解。它主要用于治疗外生殖器和肛周的尖锐湿疣，对HPV感染引起的病变有一定的改善作用，但也不能保证能彻底清除HPV。
增强免疫力相关药物
转移因子口服液： 可将供体的免疫信息传递给受体的淋巴细胞，使其转化为具有免疫活性的淋巴细胞，从而增强机体的细胞免疫功能。它可以辅助机体对抗HPV感染，但单独使用效果有限，一般作为辅助治疗手段，帮助提高机体自身清除HPV的能力，通常没有明显的年龄限制，但儿童使用需在医生指导下，根据体重等情况调整剂量等。胸腺肽肠溶片： 能调节和增强人体细胞免疫功能，促使T淋巴细胞成熟。可用于免疫功能低下的患者辅助应对HPV感染等情况，不过同样是辅助作用，用药过程中要注意可能出现的不良反应，比如个别患者可能会有恶心、发热等不适，孕妇和哺乳期女性使用需谨慎，儿童用药也需要严格遵循医生的指导。
局部外用药物针对病变
鬼臼毒素酊： 主要用于治疗尖锐湿庞，它可以抑制被HPV感染细胞的分裂增生，使之坏死脱落。一般需要每天涂抹2次，连续3天为一个疗程，如果没有痊愈，需等4天后再进行下一个疗程。但使用时要注意避免接触正常皮肤黏膜，以免造成损伤，孕妇禁用，哺乳期女性使用时要暂停哺乳。