胃肠功能紊乱的症状较多，常见的有消化不良相关症状，约有半数以上患者会出现不同程度的消化不良表现，比如进食后上腹部饱胀、早饱感，进食量明显减少等。
胃肠道相关症状
腹痛： 疼痛部位不固定，程度也不一样，有的患者是隐痛，有的可能是胀痛，疼痛时间也不规律，可能持续几分钟到数小时不等。腹泻： 有的患者会出现腹泻，大便次数增多，可为稀便，每天可能3 - 5次甚至更多，而且腹泻往往在进食后尤其是进食油腻、刺激性食物后容易发作。便秘： 与腹泻可能交替出现，表现为排便困难，大便干结，数天甚至一周以上才排便一次。
全身症状
部分患者会伴有全身症状，比如精神方面的表现，很多患者会出现焦虑、抑郁、失眠、多梦等情况。还有些患者可能会有疲劳感，感觉浑身没劲儿，影响日常生活和工作状态。
其他相关症状
有些患者还可能出现植物神经功能紊乱的相关表现，比如心慌、胸闷、气短等心血管方面类似症状，但检查心脏又没有明显器质性病变；有的患者会有出汗异常，比如手心、脚心容易出汗等情况。而且这些症状往往会在患者精神紧张、压力大、情绪波动时加重，比如工作压力大、生活中遇到重大事件导致情绪焦虑时，胃肠功能紊乱的症状会更明显。