美尼尔氏综合征的具体病因目前尚未完全明确，一般认为可能与内耳膜迷路积水有关。内耳膜迷路积水可能由多种因素引起，比如内淋巴产生和吸收失衡，内淋巴产生过多或者吸收障碍都可能导致膜迷路积水。还有可能与免疫反应有关，部分患者存在自身免疫反应异常，引发内耳病变。另外，内淋巴管机械阻塞与内淋巴吸收障碍、病毒感染、遗传因素等也可能参与美尼尔氏综合征的发生。
内淋巴产生和吸收失衡方面
内淋巴由耳蜗血管纹产生，然后通过内淋巴囊吸收。当内淋巴产生过多，比如血管纹功能亢进时，就会打破内淋巴产生和吸收的平衡。或者内淋巴囊吸收功能障碍，像内淋巴囊发育不良等情况，也会使得内淋巴积聚，导致膜迷路积水，进而引发美尼尔氏综合征相关症状。
免疫反应因素
人体的免疫反应如果出现异常，可能会攻击内耳组织。例如，自身抗体可能损伤内耳的结构和功能，影响内耳的正常生理活动，从而诱发美尼尔氏综合征。一些研究发现，部分美尼尔氏综合征患者体内存在针对内耳抗原的自身抗体，这提示免疫反应在该病发生中起到一定作用。
其他相关因素
内淋巴管机械阻塞也是一个可能的原因，比如内淋巴管被结石、血栓等阻塞，会影响内淋巴的引流，造成内淋巴积水。病毒感染也被认为与美尼尔氏综合征有关，像腮腺炎病毒、流感病毒等感染后，可能会引起内耳的炎症反应，导致膜迷路功能紊乱。遗传因素方面，有研究表明美尼尔氏综合征具有一定的遗传倾向，某些基因突变可能增加个体患美尼尔氏综合征的风险，但具体的遗传模式还在进一步研究中。