慢性咽炎通常是由多种因素引起的，比如局部因素中，急性咽炎反复发作就容易转为慢性咽炎，据统计，约有50%的慢性咽炎患者有急性咽炎反复发作的病史；另外，鼻腔、鼻窦的慢性炎症，如脓性分泌物经后鼻孔流入咽部，长期刺激也可引发慢性咽炎。
局部因素：
咽喉部本身的炎症迁延： 除了急性咽炎反复发作外，一些咽喉部的其他疾病也可能导致慢性咽炎。比如慢性扁桃体炎，扁桃体反复发炎，其产生的炎性分泌物会不断刺激咽部黏膜，时间长了就容易引发慢性咽炎。还有咽部反流，胃内容物反流到咽部，刺激咽部黏膜，也会引发慢性咽炎。邻近器官病变影响： 像口腔炎症，如龋齿、牙龈炎等，细菌滋生，炎症蔓延可波及咽部；喉部的炎症，如慢性喉炎等，也可能向上影响到咽部，导致慢性咽炎。
全身因素：
呼吸道慢性炎症刺激： 患有慢性支气管炎、支气管扩张等呼吸道慢性炎症时，咳嗽、咳痰等症状会长期存在，炎性分泌物不断刺激咽部，从而引发慢性咽炎。一般这类患者病程较长，咽部不适症状会随呼吸道炎症的变化而波动。过敏因素： 过敏体质的人，接触过敏原后，如花粉、尘螨等，会引起咽部的过敏反应，出现咽部瘙痒、咳嗽等症状，长期反复的过敏反应可能导致慢性咽炎。例如在花粉传播季节，过敏体质者接触花粉后，咽部不适症状会比较明显。内分泌紊乱： 一些女性在更年期时，由于体内内分泌紊乱，雌激素水平下降等，容易出现咽部不适等症状，可能引发慢性咽炎。这类人群除了咽部症状外，往往还伴有潮热、盗汗等更年期综合征的表现。
生活习惯因素：
不良饮食习惯： 长期爱吃辛辣、刺激性食物，如辣椒、火锅等，会对咽部黏膜造成刺激，损伤黏膜的防御功能，容易引发慢性咽炎。还有长期大量饮酒，酒精会刺激咽部黏膜，导致咽部黏膜充血、水肿，久而久之引发慢性咽炎。用嗓过度： 教师、歌手等用嗓较多的职业人群，长期过度用嗓，会使咽部黏膜频繁受到摩擦和刺激，容易引发慢性咽炎。比如教师连续上课后，可能会出现咽部干燥、疼痛等不适症状，若不注意，长期积累就容易发展为慢性咽炎。环境因素： 长期处于空气污染严重的环境中，如工厂附近、雾霾天气较多的地区，空气中的有害颗粒、粉尘等会被吸入咽部，刺激咽部黏膜，引发慢性咽炎。另外，长期处于干燥、寒冷的环境中，也会对咽部黏膜产生不良影响，增加慢性咽炎的发病风险。