慢性咽炎通常是由多种因素共同作用引起的。一般来说，急性咽炎反复发作未能彻底治愈，就可能迁延成慢性咽炎，约有10% - 20%的人群可能因急性咽炎反复不愈发展为慢性咽炎。
局部因素导致
邻近器官疾病影响：鼻腔、鼻窦的炎症，如鼻窦炎，炎性分泌物会倒流至咽部，长期刺激咽部黏膜，引发慢性咽炎。例如，有鼻窦炎病史的人群，患慢性咽炎的风险相对较高。另外，口腔炎症，像牙周炎、牙龈炎等，细菌滋生也容易波及咽部，导致咽部黏膜反复受到刺激，进而引发慢性咽炎。咽部刺激与反复感染：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁、焦油等有害物质会持续刺激咽部黏膜，使咽部黏膜充血、分泌物增多，容易引发慢性咽炎。还有长期接触粉尘、化学气体等职业因素，也会对咽部造成慢性刺激，增加患病几率。此外，急性咽炎如果没有得到有效控制，炎症反复刺激咽部组织，也会慢慢转变成慢性咽炎。
全身因素引发
呼吸道慢性炎症：如慢性支气管炎、支气管扩张等疾病，其呼吸道产生的炎症分泌物会不断刺激咽部，时间一长就可能引发慢性咽炎。数据显示，有呼吸道慢性炎症病史的人群，慢性咽炎的患病率比普通人高出30%左右。过敏因素：过敏性体质的人接触过敏原后，如花粉、尘螨等，会引起咽部黏膜的过敏反应，出现咽部瘙痒、咳嗽等症状，长期过敏反应刺激咽部就可能导致慢性咽炎。比如在花粉季节，过敏性咽炎患者数量会明显增多，若不及时控制，容易发展为慢性咽炎。消化系统疾病影响：胃食管反流病是常见的消化系统疾病，胃酸反流至咽部，会灼伤咽部黏膜，导致咽部黏膜受损，引发慢性咽炎。有研究表明，约50%的胃食管反流病患者会合并慢性咽炎。另外，贫血、糖尿病等全身性疾病，会使身体抵抗力下降，咽部容易受到病菌侵袭，从而诱发慢性咽炎。
生活方式相关因素
饮食习惯不良：长期大量饮酒，酒精会刺激咽部黏膜，破坏咽部的正常防御功能，增加慢性咽炎的发病风险。而且经常吃辛辣、油腻、过烫的食物，会反复刺激咽部黏膜，导致咽部黏膜充血、水肿，久而久之引发慢性咽炎。例如，喜欢吃火锅、麻辣烫等辛辣刺激性食物的人群，患慢性咽炎的可能性较大。作息不规律：长期熬夜会使身体免疫力下降，咽部的防御能力也会减弱，容易受到病菌感染，进而引发慢性咽炎。另外，过度用嗓，比如教师、歌手等职业人群，长时间说话、唱歌，咽部得不到充分休息，也容易导致咽部慢性劳损，引发慢性咽炎。