多囊肾结石通常与普通肾结石的治疗方法大体相同，主要可依据具体状况，选取药物治疗、冲击波碎石、手术治疗等方式。
一、药物治疗：要是患者结石的体积较小，可在医生指导下进行药物排石治疗，常用的药物包含枸缘酸钾、坦索罗辛等。枸缘酸钾可碱化尿液，有助于溶解结石和防止新结石形成；坦索罗辛能松弛输尿管平滑肌，利于结石排出。
二、冲击波碎石：当患者结石的直径小于20毫米且位于上盏、肾中时，可通过体外冲击波碎石，将结石击碎成小块，而后经尿液排出体外。
三、手术治疗：倘若患者采用上述方法治疗效果不理想，或者身体条件不适合进行经皮肾镜取石术的结石，可利用软性输尿管肾镜，借助激光的能量，把结石粉碎成颗粒状，伴随尿液排出。在对多囊肾结石进行治疗时，需充分评估患者的肾脏功能，并尽可能选择微创手术，以避免出现异常影响。
总之，多囊肾结石治疗要综合考虑多种因素，选择合适的方法，以达到较好的治疗效果。