龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎，可外用莫匹罗星软膏等，通常用药后几天内症状会有所改善。比如细菌感染导致的急性浅表性龟头炎，外用莫匹罗星软膏可能在1-2周内看到较好效果。
细菌感染性龟头炎用药
局部清洁后用药：对于细菌感染引起的龟头炎，首先可用碘伏溶液进行局部清洁消毒，之后可外用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。针对较轻感染：如果感染较轻，也可选用红霉素软膏，它对革兰阳性菌有抗菌作用，能减轻龟头的炎症、红肿等症状。
真菌感染性龟头炎用药
抗真菌清洗后用药：若是真菌感染引发的龟头炎，像白色念珠菌感染，可先用碳酸氢钠溶液清洗局部，改变局部酸碱度，抑制真菌生长。之后外用酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌细胞膜的通透性，起到抗真菌功效。严重真菌感染情况：如果真菌感染较为严重，可能还会口服氟康唑等抗真菌药物，但需在医生指导下使用，因为口服药有一定的肝肾功能影响风险。
滴虫感染性龟头炎用药
清洗配合外用：对于滴虫感染导致的龟头炎，同样先可用乳酸溶液等进行局部清洗。然后外用甲硝唑凝胶，它能阻碍滴虫的氧化还原反应，使原虫氮链发生断裂，从而发挥抗滴虫作用。特殊情况处理：患者的性伴侣也需要同时进行检查和治疗，否则容易重复感染，影响龟头炎的治疗效果及康复。
过敏因素引起的龟头炎用药
停用可疑物质后用药：如果是过敏因素引起的龟头炎，首先要停用可疑的过敏原，比如某些避孕套、清洁剂等。之后可外用糖皮质激素软膏，如氢化可的松软膏，但要注意，儿童使用需谨慎，一般短期小面积使用相对安全些，它能减轻过敏引起的炎症、瘙痒等症状。症状严重时加用口服药：如果过敏症状较严重，可能会口服氯雷他定等抗组胺药物，缓解过敏相关的不适，但用药需遵循医生的剂量等指导。