治疗灰指甲常用的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物疗程较长，可能需要数月；口服抗真菌药物相对见效快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次即可，使用方便，但需要坚持使用几个月，一般需要连续使用6 - 12个月才能完全治愈灰指甲，而且对于较严重的灰指甲，单独使用可能效果稍慢。环吡酮胺乳膏： 同样属于外用抗真菌药，能渗入真菌细胞膜，改变真菌细胞膜的完整性，从而影响真菌的代谢。每天需要涂抹2次，涂抹在病甲及周围皮肤上，坚持使用一段时间，不过它的渗透作用相对有限，对于厚甲的效果可能不太理想。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑类抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，从而影响真菌细胞膜的合成。采用冲击疗法，即每月服用1周，连续服用3 - 4个月。不过在服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬： 是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌细胞死亡。口服特比萘芬一般需要连续服用6 - 12周，对于指甲癣，疗程相对短一些，趾甲癣可能需要更长时间。但同样，服用前也需要关注肝功能情况，有肝病或肝功能不全者要慎用。
辅助治疗相关
病甲处理： 在使用药物治疗前，最好先对病甲进行处理，比如可以用锉刀将病甲尽量锉薄，这样可以让药物更好地渗透到病甲内部，提高治疗效果。不过病甲处理要注意卫生，避免感染扩散。生活注意事项： 患者在治疗灰指甲期间，要注意保持足部或手部的清洁干燥，穿透气性好的鞋子，勤换袜子，避免与他人共用鞋袜、脚盆等生活用品，防止交叉感染。同时，要注意增强自身免疫力，合理饮食，适当运动等，因为免疫力低下也可能影响灰指甲的治疗效果。