大便时肛门疼痛通常由生理原因、便秘、肛裂、肛周湿疹、痔疮等导致。要通过物理、药物或手术等方式来治疗，可前往当地正规医院检查。具体如下：
一、生理原因：若是长时间未排便，致使大便在肠道内积聚时间过长，引起大便干燥，从而刺激肛门黏膜，引发疼痛症状。此时需要多食用蔬菜和水果，以促进肠道蠕动，改善排便困难状况。
二、便秘：经常食用刺激性食物，可能引发便秘，出现排便困难或大便干燥的情况，在排便时会对肛肠黏膜造成刺激，产生疼痛。可在医生指导下使用乳果糖口服溶液、开塞露等药物进行治疗。
三、肛裂：肛裂会使肛肠黏膜受刺激而破裂出血，还会导致排便疼痛。可在医生指导下使用双氯芬酸钠乳膏、丙酸氟替卡松乳膏等药物进行治疗。
四、肛周湿疹：若个人卫生不佳，可导致肛门周围出现湿疹，引起疼痛或瘙痒等不良症状。需要在医生指导下使用莫匹罗星软膏或糠酸莫米松乳膏等药物进行治疗。
五、痔疮：若排便习惯不良或饮食习惯不良，可能诱发痔疮，引起痔核脱出，出现便血或排便疼痛，需通过痔疮切除手术进行治疗。
治疗期间要注意肛门部位的清洁和卫生，多吃蔬菜和水果，有助于预防便秘的发生。