多器官功能障碍综合征的治疗需要综合多方面措施。一般来说，治疗会围绕维护各器官功能、控制原发病等展开。
生命支持与器官功能维护
循环支持： 若患者出现循环功能障碍，可能需要使用血管活性药物来维持血压，比如去甲肾上腺素等，通过调节血管张力来保证重要脏器的灌注。同时要密切监测患者的血流动力学指标，像中心静脉压、平均动脉压等。呼吸支持： 当出现呼吸功能障碍时，轻中度患者可能通过氧疗改善缺氧状况，严重的则需要机械通气。机械通气有多种模式，如压力控制通气等，根据患者具体情况选择合适的模式来保证有效的气体交换。
控制原发病
感染性原发病： 如果是感染导致的多器官功能障碍综合征，要积极寻找感染源并进行控制。比如是肺部感染，需要进行痰液引流，合理使用抗生素。抗生素的选择要根据病原菌的药敏结果来，像对于常见的细菌感染，可能会选用头孢菌素类等抗生素来杀灭病原菌，从而消除感染对多个器官的损害因素。非感染性原发病： 若是创伤等非感染因素引起，要处理好创伤情况，比如进行有效的止血、修复受损组织等。对于胰腺炎等疾病导致的多器官功能障碍，要抑制胰液分泌等对症处理来控制原发病进展。
营养支持
营养途径选择： 早期可通过肠内营养来维持患者的营养状况，比如经鼻胃管或鼻空肠管给予营养制剂。如果患者肠道功能不能耐受肠内营养或者肠内营养不足，就需要采用肠外营养，通过静脉途径补充蛋白质、碳水化合物、脂肪、维生素、矿物质等各种营养物质。一般建议在发病后24 - 48小时内开始营养支持，保证患者每日所需的热量和营养成分，以维持器官的正常功能和修复。营养成分供给： 要注意蛋白质的供给量，一般成人每日每千克体重需要1.2 - 1.5克蛋白质，同时要合理搭配碳水化合物和脂肪的比例，保证能量的均衡供应，并且根据患者的肝肾功能等调整营养成分的供给，避免加重器官负担。
抗炎与免疫调节
抗炎药物应用： 一些抗炎介质相关的药物可能会被使用，比如糖皮质激素在某些情况下可能有抗炎作用，但使用要谨慎，需根据患者的具体病情评估。像对于严重的全身炎症反应综合征，小剂量的糖皮质激素可能有助于调节炎症反应，但要注意其可能带来的副作用，如感染风险增加等。免疫调节治疗： 目前也有一些针对免疫调节的研究和药物应用，比如某些免疫球蛋白可能有助于调节机体的免疫状态，但是具体的应用还需要依据患者的免疫功能评估结果来确定，要密切观察治疗后的免疫反应变化。