呼吸道厌氧菌感染时，常见症状有发热，体温多在38℃~39℃左右，有的患者还会出现咳嗽，咳嗽多为脓性痰，有时痰中可带血。
感染部位相关症状
肺部厌氧菌感染：患者会有咳嗽，初期可能是干咳，之后逐渐咳出脓性痰，部分患者痰有恶臭味，这是因为厌氧菌感染产生特殊代谢产物导致。还可能出现胸痛，疼痛程度因人而异，与炎症累及胸膜等有关。鼻窦厌氧菌感染：会有鼻塞症状，鼻腔分泌物增多，且分泌物多为脓性、有臭味，同时可能伴有头痛，头痛部位多在鼻窦相应区域，如额窦感染时前额部疼痛明显。
全身伴随症状
乏力：患者会感觉全身没有力气，活动耐力下降，这是因为感染导致身体处于应激状态，消耗增加等原因引起。食欲减退：患者进食欲望降低，不想吃东西，可能是感染影响了胃肠道功能或者全身代谢等。
不同人群表现差异
儿童呼吸道厌氧菌感染：儿童可能除了上述一般症状外，还更容易出现精神萎靡，因为儿童自身免疫力相对较弱，感染后身体反应更明显。而且儿童表述能力有限，可能通过哭闹等方式表达不适。老年人呼吸道厌氧菌感染：老年人症状可能不典型，发热可能不明显，而更易出现呼吸急促等表现，因为老年人肺功能等相对较弱，感染后对呼吸功能影响更突出，同时老年人可能还会伴有基础疾病加重的情况，如本身有慢性阻塞性肺疾病的老人，会出现慢阻肺症状加重，如喘息、气促加重等。