反流性食管炎常用的药物有抑酸剂等，比如质子泵抑制剂中的奥美拉唑，一般规范用药能较好缓解症状。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，像奥美拉唑，它可以特异性地作用于胃黏膜壁细胞，阻断胃酸分泌的最后一步，从而减轻胃酸对食管黏膜的刺激。一般来说，规范服用能有效改善反流性食管炎患者烧心、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：例如雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌。不过相对质子泵抑制剂，其抑酸作用稍弱一些，但也能在一定程度上缓解反流性食管炎带来的不适。
促胃肠动力药
多潘立酮：它可以促进胃肠蠕动，增强食管下括约肌张力，促进胃排空，从而减少胃内容物反流至食管，缓解反流症状。通常建议在饭前15 - 30分钟服用。莫沙必利：也是一种促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善食管蠕动功能，加快胃排空，对反流性食管炎有一定的治疗作用。
黏膜保护剂
铝碳酸镁：它能中和胃酸，还可以在食管、胃黏膜表面形成保护膜，防止胃酸、胆汁等对黏膜的进一步损伤。服用后能快速缓解烧心、胃痛等症状，而且安全性相对较高。硫糖铝：其在酸性环境下可解离出硫酸蔗糖复合离子，能与溃疡或炎症处的蛋白质结合形成保护膜，保护食管和胃黏膜免受胃酸等的侵蚀，有助于反流性食管炎黏膜的修复。