衣原体和支原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，泌尿生殖道感染衣原体或支原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，晨起有“糊口”现象；女性感染后可能出现尿道不适、尿频或排尿困难，阴道分泌物增多等。呼吸道感染衣原体或支原体时，可能出现咳嗽，多为干咳，可持续较长时间，还可能伴有发热、咽痛、头痛等症状。
泌尿生殖道感染症状表现
男性泌尿生殖道衣原体支原体感染： 多数患者症状相对较轻，部分人感染后1-3周发病。除了尿道刺痒、灼痛等，严重时可能影响生育，导致附睾炎等并发症，出现附睾肿大、疼痛等症状。女性泌尿生殖道衣原体支原体感染： 女性感染后可能累及宫颈，引起宫颈炎，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物等；如果上行感染至子宫、输卵管等，可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热、异常阴道出血等症状，还可能导致不孕、异位妊娠等不良后果。
呼吸道感染症状表现
儿童呼吸道衣原体支原体感染： 儿童感染后咳嗽症状较为突出，有的呈阵发性剧咳，类似百日咳样咳嗽，可持续1-3周甚至更久。同时可能伴有低热或中度发热，体温一般在38℃左右，还可能出现乏力、咽痛等表现。成人呼吸道衣原体支原体感染： 成人感染后除了咳嗽，可能还会有头痛、肌肉酸痛等全身症状，咳嗽程度轻重不一，有的患者咳嗽较为剧烈，影响日常生活和睡眠，部分患者还可能出现食欲不振等情况。
其他部位感染症状情况
眼结膜感染衣原体： 可引起沙眼衣原体性结膜炎，急性期表现为眼睛充血、发红、有大量脓性分泌物，眼部有异物感、烧灼感等；慢性期可能出现眼睑内翻、倒睫等并发症，影响视力。咽部感染支原体： 咽部感染支原体时，可能出现咽部不适、疼痛、干燥等症状，有的患者可能伴有轻微咳嗽，咽部检查可见咽部充血等表现。