支原体衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如泌尿生殖道感染支原体衣原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼热感，伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，长时间不排尿或晨起首次排尿前，可见尿道口分泌物污染内裤；女性感染后可能出现尿道不适、尿频或排尿困难，阴道分泌物增多，呈黏液脓性，性交后可能加重症状。
呼吸系统感染症状
肺炎支原体感染： 起病较缓慢，最初可能有乏力、头痛等全身症状，随后出现发热，体温可达38℃左右，可持续1~3周，伴有咳嗽，多为刺激性干咳，夜间咳嗽较明显，有些患者还可能出现咽痛、肌肉酸痛等表现。部分患者肺部体征不明显，但胸部X线检查可见肺部多种形态的浸润影，呈节段性分布，以肺下野为多见。沙眼衣原体感染： 如果是沙眼衣原体引起的呼吸道感染，相对较少见，可能出现类似普通感冒的症状，如咳嗽、流涕等，但一般症状相对较轻。
泌尿生殖道以外部位感染症状
眼结膜感染： 沙眼衣原体可引起沙眼，这是一种常见的慢性传染性结膜角膜炎。患者会出现眼睛异物感、烧灼感、发痒、流泪等症状，同时伴有较多黏液或黏液脓性分泌物，眼睑红肿，结膜充血显著，乳头增生，严重时可出现角膜血管翳等情况。生殖系统其他部位感染： 解脲支原体等感染女性宫颈时，可引起宫颈炎，表现为宫颈充血、水肿、糜烂，有黏液脓性分泌物从宫颈管流出，还可能伴有性交后出血等症状；男性感染时可能引起附睾炎等，出现阴囊部位疼痛、肿胀，附睾肿大、触痛等表现。