脑干受伤后是否有后遗症，与受伤的严重程度密切相关。一般来说，轻度脑干受伤可能在数周内恢复，较少留下明显后遗症；而中重度脑干受伤，约有30%~50%的患者会遗留不同程度的后遗症。
后遗症的表现类型
意识障碍方面的后遗症
长期昏迷：如果脑干受伤较严重，可能会导致患者长期处于昏迷状态，有的甚至成为植物人。例如，中重度脑干损伤后，部分患者会陷入持续数月甚至数年的昏迷，无法正常感知和回应外界。意识模糊：即使患者从昏迷中苏醒，也可能存在意识模糊的情况，表现为对时间、地点、人物的定向力障碍，不能清晰地理解和表达自己的想法。
运动功能方面的后遗症
肢体瘫痪：脑干与肢体运动的传导密切相关，受伤后可能出现肢体瘫痪。常见的是一侧或双侧肢体的肌力下降，严重者完全不能活动。比如，患者可能出现下肢无力，行走困难，甚至无法站立；上肢也可能无法正常完成精细动作，如拿东西不稳等。运动协调障碍：还可能存在运动协调方面的问题，表现为走路不稳，像醉酒步态，在进行指鼻试验、跟膝胫试验时，无法准确完成动作，这是因为脑干受损影响了运动神经的协调功能。
颅神经功能障碍方面的后遗症
眼球运动障碍：脑干中包含控制眼球运动的神经核团，受伤后可能出现眼球运动异常，如眼球不能正常转动，视物双影等情况。例如，患者可能出现眼球外展受限，导致看东西有重影现象。面部感觉和运动障碍：部分患者会有面部感觉减退或消失，以及面部肌肉运动障碍，表现为面瘫，一侧面部肌肉无力，无法正常皱眉、闭眼等。
其他方面的后遗症
认知障碍：可能出现认知方面的问题，如记忆力减退，尤其是近期记忆力下降明显，难以记住新发生的事情；注意力不集中，学习和工作能力受到影响。吞咽和呼吸障碍：脑干还与吞咽和呼吸的调节有关，受伤后可能遗留吞咽困难，容易呛咳，甚至需要长期鼻饲营养；呼吸也可能变得不规则，需要依赖呼吸机辅助呼吸，或者存在呼吸功能不稳定的情况。