舌下腺囊肿主要通过手术治疗，一般采用舌下腺切除术，这是根治舌下腺囊肿的方法。手术通常在局部麻醉下进行，成功率较高。
手术治疗方式
袋形术： 对于不能耐受舌下腺切除术的患儿或全身情况不佳者，可考虑袋形术。即切除部分囊肿前壁并与口腔黏膜缝合，使囊肿变为口内黏膜下的囊肿，创口愈合后囊肿可部分消退，但复发率相对较高。舌下腺切除术： 这是最常用的根治方法。手术时要完整切除舌下腺，同时将囊肿内容物彻底清除。因为舌下腺囊肿是由于舌下腺导管堵塞，分泌物潴留形成的，所以切除舌下腺能从根源上解决问题。手术操作要仔细，避免损伤邻近的血管和神经，术后需要注意口腔卫生，一般7 - 10天可拆线。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内应进软食，避免吃坚硬、辛辣、刺激性食物，以防刺激创口，影响愈合。例如术后1 - 2天可吃稀粥、面条等流食或半流食，3 - 5天后逐渐过渡到软食。口腔清洁： 要保持口腔清洁，饭后及时漱口，可使用淡盐水漱口，每天3 - 4次，防止创口感染。儿童患者家长要协助其做好口腔清洁工作。伤口观察： 密切观察伤口情况，如发现伤口红肿、渗血、疼痛加剧等异常情况，应及时复诊。一般术后1周左右要回医院复查，查看伤口愈合情况。
保守治疗情况
穿刺抽液： 可以通过穿刺抽出囊肿内的液体，但这种方法容易复发。因为单纯抽液后，舌下腺导管的堵塞问题没有解决，很快又会有分泌物潴留形成囊肿。不过对于一些暂时不能接受手术的患者，可作为暂时缓解症状的方法，比如一些身体状况较差、需要进一步评估手术的患者，可先穿刺抽液减轻囊肿引起的局部肿胀等症状。但抽液后可辅助注射硬化剂，不过硬化剂注射有一定风险，可能会引起局部组织粘连等问题，临床应用相对谨慎。