舌下腺囊肿主要通过手术治疗，一般采用舌下腺切除术，完整切除舌下腺是根治舌下腺囊肿的关键，手术成功率较高。
手术治疗方式
袋形术： 对于不能耐受舌下腺切除术的患儿，可采用袋形术。就是将囊肿切开，使囊液流出，囊腔与口腔相通，形成一个口袋样的开口，待炎症消退后再考虑进一步处理。不过这种方法复发率相对较高。舌下腺切除术： 这是根治舌下腺囊肿的主要方法。手术时要完整切除舌下腺，因为舌下腺是囊肿的起源部位，只要把舌下腺切干净，囊肿就不会再复发。手术一般在局部麻醉下进行，对于成年人来说手术相对简单，术后恢复也比较快。
术后注意事项
口腔护理： 术后要保持口腔清洁，每天可以用淡盐水漱口，防止伤口感染。一般术后1周左右伤口基本愈合，可以恢复正常的口腔清洁方式，但仍要注意轻柔，避免刺激伤口。饮食调整： 术后短期内饮食要清淡，避免吃辛辣、过热、过硬的食物，以免刺激手术部位。可以吃一些软食，如粥、面条、鸡蛋羹等，这样既保证营养摄入，又不会影响伤口愈合。
非手术治疗的局限性
穿刺抽液： 有人会尝试穿刺抽液，把囊肿里的液体抽出来，但这种方法很难根治，因为舌下腺还存在，很快囊肿又会复发。而且反复穿刺抽液还可能引起感染等并发症，所以一般不推荐单纯穿刺抽液治疗舌下腺囊肿。总之，舌下腺囊肿主要的治疗方法是手术，其中舌下腺切除术是根治的关键，而袋形术适用于特殊情况，术后的护理也非常重要，穿刺抽液一般不作为根治的方法。