扁平苔藓的治疗需根据病情轻重等因素综合考虑，一般可通过局部治疗和全身治疗等方式来处理。局部治疗方面，对于口腔扁平苔藓，可使用糖皮质激素软膏，如0.1%曲安奈德口腔软膏等，直接涂抹在病损处，能减轻炎症、缓解症状，通常每天可涂抹数次。
局部药物治疗
糖皮质激素软膏： 像0.1%曲安奈德口腔软膏，可直接作用于口腔内的扁平苔藓病损部位，减轻局部的炎症反应，缓解疼痛等不适症状。维A酸制剂： 例如0.05%维A酸软膏，能改善上皮过度角化，对部分扁平苔藓患者有一定的治疗作用，但使用时可能会有局部刺激感，如轻度的灼热、瘙痒等。
全身药物治疗
免疫抑制剂： 对于病情较为严重、泛发的扁平苔藓，可能会用到免疫抑制剂，如硫唑嘌呤。它可以抑制免疫系统的异常反应，但使用过程中需要密切监测血常规等指标，因为可能会引起白细胞减少等不良反应。抗疟药： 羟氯喹也是常用的药物之一，能调节免疫，对扁平苔藓有一定疗效，但要注意定期检查眼底，防止出现视网膜病变等副作用。
物理治疗
激光治疗： 可采用二氧化碳激光等，通过激光的热效应去除病损组织，但治疗后要注意保持局部清洁，避免感染，一般治疗后可能会有短暂的红肿等反应，通常会逐渐消退。紫外线照射： 窄谱中波紫外线（NB-UVB）照射对部分扁平苔藓患者有一定效果，需要按疗程进行照射，治疗过程中要注意保护正常皮肤，避免过度照射导致损伤。此外，患者在治疗期间还需注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，保持良好的心态和充足的睡眠，这有助于病情的恢复。同时，要定期复诊，以便医生根据病情变化调整治疗方案。