肾结石的形成与多种因素有关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了肾结石形成的风险。
代谢异常因素
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等浓度升高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，就可能导致钙盐在肾脏沉积形成结石；草酸摄入过多，如长期大量吃菠菜、苋菜等富含草酸的食物，会使尿草酸水平升高，增加草酸钙结石形成几率。尿量减少： 如果身体缺水，尿量就会减少，尿液中结石物质的浓度就会升高，从而容易形成结石。正常人每天尿量应保持在2000毫升以上，尿量少于1000毫升时，就会增加肾结石风险。
局部因素
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、畸形等情况时，尿液排出受阻，就会导致尿液在局部潴留，使尿液中的晶体物质容易沉积形成结石。比如肾盂输尿管连接部狭窄的患者，就比正常人更易患肾结石。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等会作为核心，促使晶体物质围绕其沉积形成结石。而且感染还会改变尿液的酸碱度，进一步促进结石形成。比如变形杆菌感染可使尿液碱化，容易形成磷酸镁铵结石。
其他因素
饮食与生活习惯： 长期高钙、高嘌呤、高盐饮食，以及不爱喝水、长期久坐等不良生活习惯，都可能增加肾结石风险。像长期摄入过多肉类、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增多，易形成尿酸结石；长期高盐饮食会导致尿钙排出增加，利于结石形成。某些疾病影响： 一些疾病也会增加肾结石发生几率，如甲状旁腺功能亢进症患者，因甲状旁腺素分泌过多，会导致血钙升高，进而使尿钙增多，容易形成肾结石；还有肾小管酸中毒患者，尿液酸碱度异常，也容易引发结石。