功能性消化不良的常见症状有上腹部不适或疼痛，大约有40% - 80%的功能性消化不良患者会出现上腹部疼痛或不适，这种疼痛可以是隐痛、胀痛等不同性质。
餐后饱胀感
进食少量食物就觉得饱：很多功能性消化不良患者会有这种情况，即使吃了很少量的饭菜，也会感觉肚子很饱，而且这种饱胀感会持续较长时间，可能数小时都不缓解。进食后加重：这种饱胀感通常在进食后明显加重，比如吃了一顿普通的饭，就会觉得肚子胀得难受，影响正常的消化和后续进食。
早饱感
未进食多少就有饱腹感：患者可能刚刚吃了几口东西，就感觉已经饱了，不能再继续进食。影响进食量：早饱感会导致患者进食量明显减少，长期如此可能会引起营养摄入不足的问题。例如，本来一顿饭可以吃一碗饭，但是因为早饱感，只能吃半碗甚至更少。
上腹部疼痛
疼痛位置：疼痛部位主要在上腹部，也就是肚脐以上的区域。疼痛性质多样：疼痛的性质可以是隐痛、钝痛、刺痛等，有的患者疼痛比较轻微，只是偶尔感觉不舒服，有的患者疼痛比较明显，会影响日常生活和工作。而且疼痛没有明显的规律，可能在进食前、进食后或者空腹时都有可能出现。
上腹部烧灼感
有灼热样感觉：患者会感觉上腹部有类似火烧的灼热感，这种感觉可能会从上腹部向胸部蔓延。与进食相关：部分患者的上腹部烧灼感可能与进食有关，比如进食某些刺激性食物后会加重，而有些患者可能在空腹时也会出现。这种灼热感会让患者感觉不适，影响胃部的舒适状态。