功能性消化不良的常见症状有上腹痛，约有40% - 50%的患者会出现上腹部疼痛，疼痛程度不一，但多无规律性，在进食后可能会加重或减轻；还会有上腹胀，约50%左右的患者有此症状，表现为上腹部饱胀感，餐后会加重。
早饱与餐后饱胀感：
早饱现象： 患者会出现进食少量食物就有饱胀感，比如吃半碗饭就觉得很饱，不能继续进食。一般早饱感在进食后很快就会出现，严重影响患者的进食量。餐后饱胀： 进食正常餐量后，就会感觉上腹部胀满不适，这种感觉会持续较长时间，可能数小时都不缓解，导致患者不想再进食更多食物。
嗳气与恶心呕吐：
嗳气情况： 患者会频繁出现嗳气现象，有的患者一天可能会嗳气数十次，嗳气后有时会感觉上腹部稍微舒服一点。恶心呕吐： 部分功能性消化不良患者会出现恶心症状，少数患者会出现呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般呕吐量不多。而且呕吐通常不是频繁发生，可能几周或几个月才出现一次。
其他伴随症状：
食欲不振： 患者会感觉没有食欲，对食物的兴趣降低，即使面对平时喜欢的食物也没有想吃的欲望，长期可能导致体重下降等问题。烧心反酸： 约有30%左右的功能性消化不良患者会出现烧心反酸的症状，感觉有胃内容物反流到食管，引起胸部后方的灼热感以及口腔内发酸的感觉。而且这种烧心反酸症状可能在平卧、弯腰或腹压增加时加重。