肛门直肠脓肿治疗方法需根据病情决定，一般来说，较小的脓肿可先尝试药物治疗，而较大或复杂的脓肿多需手术。对于轻度的肛门直肠脓肿，可使用抗生素控制感染，比如常用的有头孢类抗生素等，约有部分患者通过规范使用抗生素能使脓肿消退。
药物治疗情况
抗生素选择： 常用的有头孢菌素类，如头孢克肟等，这类药物通过抑制细菌细胞壁的合成发挥抗菌作用，能帮助控制肛门直肠脓肿的感染情况。局部用药： 可以使用甲硝唑栓剂等局部药物，直接作用于脓肿部位，起到消炎等作用，但一般需配合全身用药。不过药物治疗有一定局限性，若脓肿较大，单纯用药可能效果不佳。
手术治疗方式
切开引流术： 这是治疗肛门直肠脓肿最常用的手术方法。医生会在脓肿波动最明显的部位切开，排出脓液。一般在脓肿形成后，若药物治疗效果不明显，就会考虑此手术。根治术： 如果是肛瘘引起的肛门直肠脓肿，在脓肿切开引流后，还需进行根治术，找到内口并处理，防止复发。通常对于反复发作的肛门直肠脓肿，根治术是较好的选择。
术后护理要点
创面清洁： 术后要保持肛门局部清洁，可每天用温水坐浴，一般建议每天1 - 2次，每次15 - 20分钟，这样有助于促进创面愈合，减少感染机会。饮食注意： 术后要避免吃辛辣、刺激性食物，多吃蔬菜水果等富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，防止便秘对创面造成刺激。比如每天应保证摄入足够的蔬菜，像菠菜、芹菜等，水果可选择香蕉等，以保持大便软畅。