肛门直肠脓肿主要通过手术和药物等方式治疗。对于低位肛门直肠脓肿，可采用一次性切开引流术，一般术后恢复较快。而高位肛门直肠脓肿可能需要分期手术，先做切开排脓，待形成肛瘘后再行二次手术。
手术治疗方式
单纯切开引流术： 这是治疗肛门直肠脓肿比较常用的方法。适用于单纯性低位脓肿，手术时在脓肿波动最明显的部位做切口，将脓液彻底引流出来。术后需要定期换药，一般创面会在数周内逐渐愈合，但部分患者可能会形成肛瘘，后续还需要进一步处理。挂线疗法： 多用于高位肛门直肠脓肿。利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的瘘管。挂线过程中能使被结扎的组织发生血运障碍，逐渐坏死，同时又能防止突然切开引起的肛门失禁。术后要保持局部清洁，按时换药，通常需要几周时间让挂线脱落，创面慢慢愈合。
药物辅助治疗
抗生素应用： 在手术前后常需要使用抗生素来控制感染。一般会根据脓肿的严重程度和可能的致病菌选择合适的抗生素，比如可以选用头孢类抗生素等。不过抗生素的使用要遵循规范，根据病情调整用药时间，一般使用时间可能在数天到一周左右，但不能滥用，避免引起耐药等问题。局部外用药物： 术后可使用一些局部坐浴药物，如高锰酸钾溶液坐浴，浓度一般是1:5000，每天坐浴2 - 3次，每次15 - 20分钟，有助于清洁创面、促进血液循环和炎症消退。还可以使用一些局部的消炎止痛膏等，但要在医生指导下使用，避免引起过敏等不良反应。
术后注意事项
饮食方面： 术后要注意饮食清淡，多吃富含纤维素的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘。一般建议每天保证足够的水分摄入，饮水量最好在1500 - 2000毫升左右，防止大便干结刺激创面。同时要避免吃辛辣、油腻、刺激性食物，如辣椒、油炸食品等，这些食物可能会加重局部充血，影响创面愈合。休息与活动： 术后要注意休息，避免剧烈运动和长时间站立、久坐。适当的活动有助于促进血液循环，但要避免过度劳累。一般术后初期建议以卧床休息为主，病情稳定后可逐渐增加活动量，但要避免长时间蹲位等增加肛门局部压力的动作。