慢性肠炎的治疗药物需根据具体病情来选。一般来说，常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素；而对于腹泻症状明显的情况，会用到止泻药来缓解。
一、抗生素类药物
细菌感染导致的慢性肠炎：如果是由细菌感染引发的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素。但需要注意，18岁以下的青少年一般不建议使用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。另外还有阿莫西林等青霉素类抗生素，不过对青霉素过敏的人不能使用。
二、止泻类药物
腹泻较严重时：像蒙脱石散就常用于慢性肠炎引起的腹泻。它可以在肠道表面形成保护屏障，吸附肠道内的病菌和毒素，起到止泻的作用，儿童也可以安全使用。还有黄连素，也有一定的止泻效果，同时对肠道细菌有一定的抑制作用。
三、调节肠道菌群类药物
肠道菌群失调相关的慢性肠炎：双歧杆菌四联活菌片是比较常用的调节肠道菌群的药物，它能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长，有助于恢复肠道菌群的平衡。还有地衣芽孢杆菌活菌胶囊，也可以调节肠道菌群，维持肠道正常的生理功能。这类药物一般副作用较小，适合长期调理肠道菌群。