四维超声检查能发现大部分胎儿畸形，但仍有小部分畸形可能在四维做完后出现。一般来说，四维超声通常在孕20 - 24周进行，它能排查如无脑儿、严重脑膨出、严重开放性脊柱裂、严重胸腹壁缺损伴内脏外翻、单腔心等重大畸形，但即便做了四维，仍有约5% - 10%的畸形可能漏诊。
胎儿自身发育因素
胎儿发育的动态性： 胎儿在孕期是不断发育的，有些畸形可能在四维检查之后才开始出现或者逐渐显现。例如一些微小的心脏结构畸形，早期可能因为胎儿体位等因素显示不清，之后随着胎儿发育可能会有更明显的表现，但四维检查时未被完全发现。基因突变等内在因素： 胎儿自身的基因突变等内在因素也可能导致畸形在四维后出现。虽然四维超声能观察大体结构，但对于一些由基因异常导致的细微结构或功能畸形，有时难以完全检测到，而且基因的突变是一个动态过程，可能在四维检查后发生变化从而出现畸形。
检查局限性方面
检查范围的有限性： 四维超声检查也有其局限之处。它主要侧重于胎儿的解剖结构观察，对于一些功能性的畸形或者某些代谢性疾病相关的畸形，无法通过四维超声直接检测出来。比如胎儿的听力障碍、一些遗传代谢性疾病导致的器官功能异常等，四维检查不能发现。受检查条件限制： 胎儿的体位、羊水情况等都会影响四维超声的检查效果。如果胎儿在四维检查时处于不利于观察的体位，一些部位可能显示不清，之后胎儿体位改变或者其他情况变化，可能会出现原本未发现的畸形。例如胎儿脸部的某些细微结构，因为体位问题四维检查时没看清，之后胎儿翻身等情况后可能会发现有畸形存在。
母体因素影响
母体身体状况变化： 母体在孕期的身体状况也可能影响胎儿。比如母体在四维检查后感染了某些病毒，如风疹病毒等，可能会导致胎儿出现畸形。母体的一些慢性疾病在孕期的变化，也可能影响胎儿的发育，从而出现四维后才发现的畸形。例如母体患有糖尿病，在四维检查后血糖控制不佳，可能会影响胎儿的生长发育，导致畸形出现。生活方式因素： 母体在四维检查后的生活方式也可能有影响。如果母体在之后接触了有害的化学物质、放射性物质等，可能会引起胎儿畸形。比如接触了农药等有害物质，可能会导致胎儿的染色体等发生改变，出现畸形。