打完一针流感疫苗后高烧39℃，可能有两种情况。一、流感疫苗作用，打完一针流感疫苗后高烧39℃可能是由于注射疫苗后身体产生免疫反应，出现相互抵抗的情况，从而引发高烧症状。这种情况下，可以在医生的指导下使用布洛芬、对乙酰氨基酚等药物来进行治疗，这些药物能够有效地缓解发烧症状，防止症状进一步加重。二、其他疾病，部分患者在注射流感疫苗后发烧可能与其他疾病有关，比如感冒、肺炎等疾病发生后都有可能导致发烧症状的出现。如果是感冒引起的，通常可以对症处理，服用布洛芬、阿司匹林等退热药物来缓解症状。而要是肺炎导致的，除了需要服用上述退热药物外，还需要服用阿莫西林、头孢呋辛等抗生素进行治疗。在流感疫苗注射后，需要密切观察身体的症状，如果发现有任何不适症状出现，必须要及时就医检查。
总结：打完一针流感疫苗后高烧39℃的原因可能是疫苗反应或其他疾病导致，要根据具体情况选择合适的治疗方法，且注射疫苗后要留意身体状况，有异常应及时处理。