长口腔溃疡的原因有多种。一般来说，口腔溃疡的发生可能与免疫、遗传、环境等因素相关。据统计，大约有20% - 30%的人会受到口腔溃疡的困扰。
局部创伤因素
口腔内机械损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心划伤口腔黏膜；或者吃了比较坚硬的食物，像脆硬的饼干等，刮伤了口腔部位，就容易引发口腔溃疡。而且这种因创伤导致的溃疡，往往在创伤部位会先出现症状。假牙不合适摩擦： 如果佩戴的假牙不合适，长时间与口腔黏膜摩擦，也会引起口腔溃疡。比如假牙边缘过于锐利，不断刺激口腔组织，就会使局部黏膜受损，进而发展成溃疡。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B12、叶酸等维生素时，就容易长口腔溃疡。例如，长期挑食、偏食的人，很可能会出现维生素摄入不足的情况，从而增加口腔溃疡的发生几率。一般来说，这类人群往往在饮食结构上存在缺陷，导致某些关键维生素摄取不够。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也和口腔溃疡有关。锌参与人体很多重要的生理过程，缺乏锌时会影响细胞的正常分裂等，进而容易引发口腔溃疡；铁是合成血红蛋白等的重要原料，缺乏铁也可能导致身体免疫等功能受到影响，增加长口腔溃疡的可能性。
免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发口腔溃疡。比如患有自身免疫性疾病的人，如白塞病患者，就常常会反复出现口腔溃疡的症状，这是因为其免疫系统的异常导致口腔黏膜不断受到攻击。免疫力低下时期： 当人体处于免疫力低下的时候，比如感冒发烧、过度劳累后，身体的抵抗力下降，就容易受到病原体的侵袭，也更容易长口腔溃疡。例如，很多人在感冒生病后，口腔内会出现溃疡，就是因为此时身体免疫力降低，给了口腔溃疡可乘之机。