卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素综合判断。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有自行消失的可能，可定期复查，观察囊肿变化情况，通常建议间隔3~6个月复查一次B超。
观察随访为主的情况
生理性囊肿： 像滤泡囊肿和黄体囊肿比较常见，多在月经周期变化中出现，一般直径小于5厘米，很多会在2~3个月经周期后自行消退，定期复查B超监测大小变化就行。小的良性囊肿： 如果囊肿直径在5厘米以内，且经过评估考虑为良性，没有引起明显不适症状，也可以先采取观察随访的方式，每3个月左右做一次B超检查，留意囊肿有无增大等情况。
手术治疗的情况
囊肿较大或持续存在： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，或者观察3~6个月后囊肿仍未缩小甚至有增大趋势，就可能需要手术治疗。手术方式有腹腔镜手术和开腹手术等，腹腔镜手术创伤小，恢复快，是比较常用的方式。怀疑恶性的囊肿： 如果通过检查怀疑卵巢囊肿有恶性倾向，比如肿瘤标志物升高、B超提示囊肿形态不规则、有分隔等情况，必须尽早手术，通过手术切除囊肿后进行病理检查来明确性质，再进一步制定后续治疗方案。
药物辅助治疗情况
炎症性囊肿： 如果是由盆腔炎性疾病引起的卵巢炎性囊肿，在抗感染治疗方面，可能会使用抗生素，如头孢类抗生素联合甲硝唑等，通过抗炎治疗来使囊肿缩小。不过药物治疗一般是作为辅助手段，配合其他治疗方式。内分泌相关囊肿： 对于一些因内分泌失调引起的卵巢囊肿，比如多囊卵巢综合征相关的囊肿，可能会使用调节内分泌的药物，像短效口服避孕药等，来调整激素水平，控制囊肿的生长，但药物治疗效果因人而异。