卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小等情况来定。一般来说，直径小于5厘米且无症状的卵巢囊肿，可定期复查，观察其变化，通常建议每3~6个月做一次超声检查。
生理性囊肿的处理
黄体囊肿： 女性排卵后形成黄体，有时会形成黄体囊肿，一般在月经后可自行消失，通常无需特殊治疗，定期复查超声监测即可。滤泡囊肿： 是由于卵泡不成熟或成熟后不排卵，卵泡液潴留形成的囊肿，多数也可在2~3个月经周期内自行消退，同样以观察为主，定期复查超声了解囊肿变化。
病理性囊肿的治疗方式
手术治疗情况： 若囊肿直径大于5厘米，持续存在不消退，或怀疑为恶性囊肿时，多需手术治疗。手术方式有卵巢囊肿剥除术和患侧卵巢切除术等。对于年轻有生育需求的患者，多尽量保留卵巢功能行囊肿剥除术；对于无生育需求的较年长患者，若囊肿为恶性等情况，可能会行患侧卵巢切除术。药物治疗辅助： 某些情况可辅助药物治疗，比如盆腔炎性包块形成的囊肿，可能需要使用抗生素等药物控制炎症，从而使囊肿缩小，但药物治疗一般不能作为主要的根治手段，多是配合手术等治疗。
不同人群的治疗注意要点
育龄期女性： 要特别关注囊肿对生育的影响，若有生育计划，在治疗时需充分评估囊肿治疗方式对卵巢功能和生育能力的影响，比如尽量选择对卵巢功能影响小的手术方式。绝经期女性： 绝经期女性出现卵巢囊肿，更要警惕恶性病变的可能，因为绝经期后卵巢囊肿恶变风险相对增加，所以一旦发现囊肿，可能更积极地考虑手术等治疗措施。