结核性肠炎是由结核分枝杆菌引起的肠道慢性特异性感染，其临床表现多样。一般来说，约半数以上患者会有腹痛症状，多位于右下腹或脐周，呈隐痛或钝痛，有时在进餐时诱发，排便后可稍有缓解。
消化系统表现
腹痛：
多数患者有右下腹或脐周隐痛，有时呈阵发性。疼痛多因进餐引起，这是因为进食会促使胃肠蠕动增加或胃酸分泌增多，从而刺激病变部位导致疼痛。排便后，肠道蠕动缓解，疼痛可稍有减轻。
腹泻与便秘交替：
这是常见表现之一。在溃疡型肠结核时，肠黏膜受到炎症刺激，吸收功能障碍，导致大便次数增多，表现为腹泻，粪便多为糊状，一般无脓血，不伴里急后重。而增生型肠结核多以便秘为主。
全身症状
发热：
患者常出现低热、盗汗等结核中毒症状。发热多为午后低热，体温一般在37.5℃~38℃之间，可持续数周或数月，同时伴有夜间盗汗，严重时会影响患者的睡眠和日常生活。
消瘦、乏力：
由于肠道吸收功能障碍以及结核分枝杆菌感染导致机体消耗增加，患者会逐渐出现消瘦、乏力的表现。体重可能会在短期内明显下降，体力也会大不如前，影响正常的工作和生活。
腹部体征
腹部压痛：
右下腹常有固定的轻压痛，这是因为病变主要累及右下腹的肠道。但要注意，压痛程度不一定很剧烈，需要医生仔细检查才能发现。
腹部肿块：
多见于增生型肠结核，是由于肠壁增厚、周围组织粘连或干酪样坏死物积聚形成。肿块质地中等，比较固定，伴有轻至中度压痛。如果是溃疡型肠结核，因有腹膜炎症、肠粘连，也可能触及腹部肿块，但相对少见。