肾结石发生的原因较为复杂，主要与代谢、饮食、疾病等因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶就可能形成肾结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就容易长结石。
代谢因素影响
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加时，就容易形成结石。例如，尿液中钙含量过高，超过了尿液的溶解限度，钙就会以结晶形式析出，逐渐形成肾结石。正常情况下，人体尿液中的各种成分处于动态平衡，但如果代谢出现紊乱，这种平衡就会被打破。尿量减少： 当人体尿量减少时，尿液中结石物质的浓度就会升高，更容易形成结晶并进而发展为结石。比如，夏季出汗多，若没有及时补充水分，尿量减少，就增加了肾结石的发生风险。
饮食因素作祟
高草酸食物摄入： 像菠菜、苋菜、巧克力、坚果等食物中草酸含量较高。如果长期大量食用这些高草酸食物，体内草酸含量会升高，经过代谢后，尿液中草酸浓度也会相应增加，容易与钙结合形成草酸钙结石。例如，每天大量进食菠菜，就可能使尿液中草酸水平明显上升。高嘌呤食物摄入： 动物内脏、海鲜、红肉等属于高嘌呤食物。人体摄入过多高嘌呤食物后，嘌呤代谢会产生尿酸，若尿酸排出不畅，就会导致血尿酸升高，尿液中尿酸浓度增加，容易形成尿酸结石。比如，经常吃动物内脏的人，患尿酸结石的几率相对较高。
疾病相关因素
尿路感染： 一些尿路感染性疾病会影响尿液的成分和酸碱度。例如，变形杆菌等细菌能将尿素分解为氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵及磷酸钙沉积，从而形成结石。长期存在尿路感染的患者，发生肾结石的可能性比常人要高。甲状旁腺功能亢进： 甲状旁腺功能亢进时，会导致甲状旁腺激素分泌增多，进而使血钙升高，尿钙也随之增加，容易形成钙盐结石。这类患者体内钙代谢出现异常，增加了肾结石的发病几率。