先天性巨结肠通常可通过非手术治疗与手术治疗等方式来处理，若能尽早发现并及时医治，效果往往较好。先天性巨结肠属于常见的先天性畸形，是由肠神经元缺如所引发，在乙状结肠、直肠部位较为多见。受累肠管会出现痉挛狭窄状况，无法像正常肠道那样进行蠕动，肠内容物无法正常排出，进而在肠道内积聚，致使病变近端的肠管严重扩张，逐渐演变成巨结肠改变，其临床表现包括低位肠梗阻、顽固性便秘、腹胀等，具有一定遗传倾向。
一、对于诊断尚不明确或虽已明确但暂不进行手术或处于术前准备阶段的情况，需要接受非手术治疗，主要涵盖扩肛、盐水灌肠、开塞露塞肛、补充营养等方面。
1.扩肛：可帮助缓解肠道痉挛。
2.盐水灌肠：能清理肠道内的积存物。
3.开塞露塞肛：辅助促进排便。
4.补充营养：确保患儿有足够的能量来应对病情。
二、而对于诊断已明确且能耐受手术的患儿，则应进行手术治疗，手术的要求是切除缺乏神经节细胞的肠段以及明显扩张肥厚且神经节细胞变性的近端结肠，从而解除功能性肠梗阻。
1.切除病变肠段：去除病根。
2.解除肠梗阻：恢复肠道正常功能。
三、对于那些患有严重小肠结肠炎或出现肠穿孔等病情极为严重的患儿，应先实施结肠造口，之后再进行根治手术。
虽然通过手术可实现根治，但术后可能会出现并发症，所以患儿家长应选择正规的医疗机构为患儿进行相应检查和治疗，术后也要注意患儿的护理，以减少并发症的产生。总之，对于先天性巨结肠要及时诊断并采取恰当的治疗方法，以保障患儿的健康。