精子畸形率高的原因有很多，以下是一些可能的因素：
1.精索静脉曲张：精索静脉曲张会导致睾丸局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响精子的形态。
2.生殖道感染：附睾、输精管、精囊和前列腺等生殖道或生殖腺体的急慢性炎症都可降低精子的运动能力，使精子畸形率升高。
3.内分泌异常：男性正常的生精功能依赖于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，其中任何一个环节障碍，都会影响生精功能，导致精子畸形率高。
4.吸烟酗酒：吸烟和酗酒是精子畸形的重要因素，吸烟会使畸形精子发生率明显增高，酒精可使精子头尾畸形，活力降低。
5.其他因素：长期使用某些药物、阴囊局部长期高热、长期接触放射性物质、营养不良、精索静脉曲张等，也可导致精子畸形率高。