灰指甲想要除根，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法来治疗。通常外用抗真菌药物治疗周期较长，可能需要连续使用3~6个月甚至更久；口服抗真菌药如伊曲康唑胶囊等，规范用药治愈率能达到60%~70%左右。
外用药物治疗
局部擦药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能渗透进甲板发挥抗真菌作用。使用时要先把病甲尽量修薄，然后再涂抹药物，一般一周使用1~2次。不过这个方法疗程比较长，需要耐心坚持用药。联合用药：有时候可以将外用药物和封包疗法结合，比如先用软化剂把病甲软化后再涂药，能提高药物的渗透效果，但操作时要注意避免损伤周围正常皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑冲击疗法：采用间歇冲击的用药方式，饭后立即服用伊曲康唑，每次200mg，每天2次，连服7天为一个疗程。停药21天后开始下一个疗程，一般需要2~3个疗程。不过这类药物需要检测肝功能，用药前要确保肝功能正常，用药过程中也要定期复查肝功能。特比萘芬：每天口服250mg，指甲癣一般需要连续服用6~12周，趾甲癣则需要连续服用12~16周。同样，用药期间也需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术：过去常用拔甲的方法来治疗灰指甲，但现在已经较少单独使用。因为拔甲后新长出来的指甲仍有可能再次被真菌感染，而且拔甲会给患者带来一定痛苦，术后恢复也需要时间，现在更多是作为辅助治疗手段，配合药物使用。比如拔甲后再配合外用或口服抗真菌药物，能提高治愈率，但术后要注意防止感染。