灰指甲遵医嘱进行药物治疗有彻底根除的可能，但确实存在较大难度。
目前治疗灰指甲主要有以下方法：
一、口服抗真菌药：
1.特比萘芬是常用药，适用于各类灰指甲的系统治疗，成功率较高。如果用特比萘芬治疗，手指甲需连服6至9周，足趾甲连服12至16周。
2.伊曲康唑也是选择之一，连服1周停药3周为一疗程，一般手指甲需2至3个疗程，足趾甲需3至4个疗程，且都要在专业医生指导下使用。
二、外用药物：
目前国内市场上仅有5%阿莫罗芬搽剂。对于远端受损甲板小于50%、无甲母质受累、受累指（趾）甲小于4个的患者，可单独使用；但对甲母质受累者单独使用效果不佳，通常与口服药物联合应用，两者联合可显著提高治愈率。
在开始规范治疗后，若拇指（趾）甲2个月后、2至4指（趾）甲1个月后可见甲根部有新甲长出，就表明治疗有效，可继续完成全疗程治疗。当甲板外观完全恢复正常且甲真菌镜检和培养均转阴，即表示已治愈。灰指甲顽固难治、治疗时间长且易复发，为获得最佳治疗效果，必须严格遵循医嘱，坚持规范完成足疗程的治疗。
总结概括：文章阐述了灰指甲难以彻底根除，介绍了口服抗真菌药如特比萘芬和伊曲康唑的用法及疗程，外用药物阿莫罗芬搽剂的适用情况，强调了治疗有效和治愈的判断标准，以及坚持规范足疗程治疗的重要性。