再生障碍性贫血的发病原因较为复杂，目前认为可能与以下几方面因素有关。据研究，约半数以上的再生障碍性贫血患者病因尚不明确，而能明确的因素主要包括以下几类。
一、遗传因素相关
先天性再生障碍性贫血： 如范可尼贫血，这是一种常染色体隐性遗传性疾病，患儿出生时就可能伴有一些先天畸形，如皮肤色素沉着、骨骼畸形等，一般在儿童期或青少年期发病，这类患者由于基因缺陷导致造血干细胞功能异常，进而引发再生障碍性贫血。某些遗传性综合征伴发： 还有一些罕见的遗传性疾病，会伴随再生障碍性贫血的发生，其遗传方式多为隐性遗传，患者体内的遗传物质改变影响了骨髓造血干细胞的正常增殖和分化，使得骨髓造血功能逐渐衰竭。
二、药物及化学物质因素
药物引起： 有多种药物可能会诱发再生障碍性贫血，比如氯霉素，它是一种广谱抗生素，曾有研究发现长期或过量使用氯霉素的人群，再生障碍性贫血的发病风险明显增高。还有抗肿瘤的化疗药物，像烷化剂类药物，如白消安、环磷酰胺等，在治疗肿瘤的过程中，可能会对骨髓造血干细胞造成损伤，抑制骨髓造血功能，从而引发再生障碍性贫血。化学物质接触： 长期接触某些化学毒物也容易导致再生障碍性贫血，例如苯及其衍生物，在一些化工行业中，工人长期接触苯，苯进入人体后会抑制骨髓造血干细胞的增殖和分化，影响骨髓的正常造血功能。据统计，长期接触苯的人群患再生障碍性贫血的几率比普通人群高很多倍。
三、病毒感染因素
肝炎病毒相关： 部分再生障碍性贫血患者发病前有肝炎病史，特别是丙型肝炎病毒感染与再生障碍性贫血的关系较为密切。研究表明，丙型肝炎病毒可能会损伤骨髓造血干细胞，导致造血干细胞的数量减少和功能异常，进而引发再生障碍性贫血。此外，EB病毒、微小病毒B19等病毒感染也可能与再生障碍性贫血的发病存在一定关联，这些病毒感染人体后，可能通过直接损伤造血干细胞或引起免疫功能紊乱等机制，影响骨髓的造血功能。