胆总管结石相对好治疗，其治疗方案成熟且并发症较少。不过仍可能出现严重并发症如穿孔、出血、胆汁反流、胆漏等，但总体治疗方案和技术成熟。且因其是结石性病变而非肿瘤，治疗预后理想。胆总管结石目前主要治疗方式如下：
一、内镜下治疗较多，由消化内科内镜医师操作：
1.通过十二指肠镜切开十二指肠乳头括约肌，进行胆管结石抓取、碎石以及胆道引流，这是最常见的。
2.经皮肝穿刺、胆道穿刺引流，然后进行胆管扩张取石。
二、外科处理方案主要是通过微创方式：
(1)通过腹腔镜胆总管切开，进行气管引流胆管取石，这是最常见最经典的治疗方式。
专家提示：胆总管结石相对较易治疗。内科治疗通常在十二指肠镜下切开括约肌进行取石碎石等操作，或经皮肝穿刺、胆道穿刺引流扩张后取石；外科多采用腹腔镜进行胆总管切开引流、胆管取石。