疱疹性咽峡炎与手足口病的大部分患者属于同源性疾病，都是由病毒感染引起，但两者并无密切关系，且存在诸多不同。以下是具体内容：
一、疱疹性咽峡炎是上呼吸道感染，手足口病是全身性传染病。
1.疱疹性咽峡炎主要是上呼吸道受到病毒感染。
2.手足口病则是全身性的，传播范围更广。
二、两者都是肠道病毒感染引起，但具体病毒亚型不同。
1.导致疱疹性咽峡炎的主要是A1-6、8、10、22亚型。
2.导致手足口病的主要是A16亚型。
三、发病部位不同。
1.疱疹性咽峡炎皮疹主要局限在咽峡部和上腭。
2.手足口病除了口腔皮疹，还会出现在手心、脚心等其他部位。
四、临床上两者可能有交叉重叠情况，但没有明确诊断表明其相关性。
总之，疱疹性咽峡炎和手足口病虽有同源性但存在差异，家长要注意区分。一旦孩子出现皮疹等症状，应及时去医院小儿感染科就诊，完善视诊、血常规、血生化等相关检查，以明确诊断并遵医嘱进行针对性治疗。