急性扁桃体炎多由细菌感染引起，尤其是A组乙型溶血性链球菌。治疗药物主要有抗生素等。一般来说，常用青霉素类抗生素来治疗，比如青霉素V钾片，它对链球菌有较好的抗菌作用。
抗生素类药物选择
青霉素类： 青霉素V钾片是常用的青霉素类药物，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥抗菌作用，对急性扁桃体炎由链球菌感染引起的情况有较好疗效。不过，对青霉素过敏的人不能用这类药。头孢菌素类： 头孢拉定也是常见的用于急性扁桃体炎的药物，属于头孢菌素类抗生素，能阻碍细菌细胞壁的合成，从而达到杀菌的效果。但有头孢菌素过敏史的人要避免使用。
对症治疗药物
解热镇痛药： 当患者有发热、咽痛较剧烈时，可使用对乙酰氨基酚。比如体温超过38.5℃且咽痛明显时，可服用对乙酰氨基酚来缓解症状。不过，严重肝肾功能不全者要慎用。糖皮质激素： 如果急性扁桃体炎病情较重，有高热等全身症状时，可能会短期使用糖皮质激素，如地塞米松。但使用时要严格掌握适应症，因为长期使用糖皮质激素可能会有一些副作用，像降低机体免疫力等。
局部用药辅助
含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，有助于减轻扁桃体局部的炎症反应。使用时按照说明书稀释后漱口，一天多次。含片： 西地碘含片也是常用的局部用药，含服后可以在局部缓慢释放碘，起到杀菌、抗感染的作用，能缓解扁桃体炎引起的咽痛等不适，但对碘过敏者禁用。