新生儿重度窒息可导致多器官受损，比如神经系统方面，约20%的重度窒息新生儿会出现严重神经系统后遗症，像智力低下、脑瘫等。心血管系统也会受影响，可能引发心肌损害、心律失常等；呼吸系统会出现持续肺功能不良，甚至引发新生儿呼吸窘迫综合征等问题。
神经系统损害
大脑损伤： 重度窒息时，脑部缺氧缺血，容易导致脑水肿。严重的脑水肿会压迫脑组织，影响神经细胞的正常功能。研究发现，约有15% - 20%的重度窒息新生儿会出现不同程度的脑损伤，可能表现为运动发育迟缓、智力低于正常儿童等。神经细胞受损： 缺氧会使神经细胞代谢紊乱，影响神经递质的正常传递。新生儿的神经系统正在发育中，重度窒息造成的神经细胞受损可能会影响其未来的认知、语言等功能发育。
呼吸系统影响
肺功能长期不良： 重度窒息后，新生儿的肺组织可能受到损伤，导致肺的顺应性下降。出生后可能会出现持续的呼吸问题，比如呼吸浅快、呼吸暂停等情况较常见。而且这类新生儿日后发生支气管肺发育不良的风险比正常新生儿高很多，会影响长期的呼吸功能。呼吸窘迫综合征风险增加： 重度窒息的新生儿肺泡表面活性物质合成可能受到影响，进而引发新生儿呼吸窘迫综合征。这会导致新生儿在出生后不久就出现进行性呼吸困难，严重时需要机械通气等支持治疗，且治疗过程复杂，预后也可能受到影响。
心血管系统改变
心肌损害： 缺氧会影响心肌细胞的能量代谢，导致心肌损害。心电图检查可能会发现ST - T改变、心律失常等情况。部分新生儿可能会出现心功能不全，表现为心率异常、血压不稳定等，需要密切监测心脏功能。心律失常： 重度窒息时，心脏的电生理活动受到干扰，容易出现心律失常，如早搏、心动过速或心动过缓等。心律失常若不能及时纠正，可能会进一步影响心脏的泵血功能，对新生儿的整体状况产生不利影响。