萎缩性胃炎的治疗药物需根据具体情况选择，常用的有胃黏膜保护剂，比如硫糖铝，它能在胃内形成保护膜，覆盖在胃黏膜表面，减少胃酸、胆汁等对胃黏膜的刺激，一般可长期服用，但可能会引起便秘等不良反应；还有枸橼酸铋钾，也能保护胃黏膜，还能杀灭幽门螺杆菌，不过孕妇禁用，肾功能不全者也不宜长期使用。
抑制胃酸分泌的药物
H₂受体拮抗剂：像西咪替丁，能抑制胃酸分泌，缓解胃痛等症状，一般一次服用剂量根据病情而定，但肾功能不全者要慎用；还有雷尼替丁，同样可抑制胃酸，对肝功能影响较小，但也可能引起头痛、头晕等不适。质子泵抑制剂：奥美拉唑是常见的质子泵抑制剂，能强效抑制胃酸分泌，通常一天服用一次，但严重肾功能不全者要在医生指导下使用，长期使用可能影响钙吸收。
促进胃动力的药物
多潘立酮：可以促进胃排空，改善腹胀、恶心等症状，一般成人一次服用一定剂量，但孕妇慎用，心脏病患者尤其是心律失常者要咨询医生后再用。莫沙必利：也能促进胃肠蠕动，改善消化不良症状，不过老年人使用时要注意观察不良反应，与其他药物合用时需留意相互作用。
针对幽门螺杆菌感染的药物
如果萎缩性胃炎伴有幽门螺杆菌感染，通常需要进行四联疗法，即一种质子泵抑制剂+两种抗生素+一种铋剂。比如质子泵抑制剂用奥美拉唑，抗生素常用阿莫西林（不过对青霉素过敏者禁用）、克拉霉素（可能引起胃肠道不适等），铋剂用枸橼酸铋钾。但具体用药要根据患者的个体情况，比如是否有药物过敏史、肝肾功能等来选择和调整，而且用药疗程一般是10 - 14天，治疗后还需复查幽门螺杆菌是否被根除。