同房时肚子疼的原因有很多，以下是一些可能的原因：
1.盆腔炎：盆腔炎是女性上生殖道感染引起的一组疾病，主要包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿和盆腔腹膜炎。炎症可局限于一个部位，也可同时累及几个部位，这些部位相互影响，可导致女性在同房时出现肚子疼的症状。
2.子宫内膜异位症：这是具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔被覆黏膜以外的其他部位时，所引起的病症。当子宫内膜异位到盆腔时，可能会在同房时引起疼痛。
3.黄体破裂：如果在黄体期同房，由于动作过于激烈或黄体体积过大，可能会导致黄体破裂，从而引起肚子疼。
4.其他原因：同房时肚子疼还可能与其他妇科疾病、肠道疾病、泌尿系统疾病等有关。
如果出现同房时肚子疼的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的个人卫生习惯，避免性生活，以免加重病情。