会厌囊肿的处理方式需根据具体情况而定。较小的无症状会厌囊肿可能暂时观察，而较大或有症状的囊肿多需手术治疗。一般来说，对于直径小于1厘米且无症状的会厌囊肿，可每隔3~6个月复查喉镜观察变化；如果囊肿较大出现吞咽困难、呼吸困难等症状，则需要及时手术。
观察等待情况
无症状小囊肿： 如果会厌囊肿比较小，直径在1厘米以内，而且患者没有任何不适症状，像吞咽异物感不明显、呼吸也不受影响，这种情况下可以选择观察等待。医生会建议每隔3~6个月做一次喉镜检查，通过喉镜来观察囊肿的大小、形态等有无变化。儿童特殊情况： 对于儿童的会厌囊肿，要是囊肿非常小且没有引起明显不适，也可以先观察，但要密切关注儿童的呼吸情况，因为儿童气道较窄，小囊肿也可能影响呼吸。
手术治疗情况
手术适应情况： 当会厌囊肿较大，直径超过1厘米，或者已经引起明显症状，比如吞咽时明显感觉到有东西堵着，吞咽困难比较明显，或者出现呼吸困难的情况，这时候就需要考虑手术治疗。手术方式一般是支撑喉镜下会厌囊肿切除术，这是一种比较常用的微创方法。术后注意事项： 手术后患者需要禁声休息1~2周，让喉部得到充分恢复。同时要注意口腔卫生，经常用淡盐水漱口，防止伤口感染。饮食上要吃温凉的流质或半流质食物，比如温牛奶、粥等，避免吃辛辣、刺激性食物以及过热的食物，以免刺激手术部位。
药物治疗情况
辅助用药情况： 一般来说，会厌囊肿本身药物治疗效果不佳，但如果囊肿伴有感染，出现局部红肿、疼痛等症状时，可能会使用抗生素来抗感染。常用的抗生素比如青霉素类（不过敏情况下），但具体用药需要医生根据患者的感染情况来决定，不能自行随意使用抗生素。特殊人群用药： 对于孕妇、儿童等特殊人群出现会厌囊肿伴有感染时，用药更要谨慎。孕妇使用抗生素需要权衡利弊，儿童用药则要选择对儿童相对安全的抗生素，必须在医生的严格指导下使用，不能盲目自行用药。