会厌囊肿较小且无症状时，通常无需特殊处理，定期观察即可；若囊肿较大出现吞咽困难、呼吸困难等症状，多需手术治疗。
观察随访情况
如果会厌囊肿比较小，没有引起任何不适症状，比如吞咽异物感不明显、呼吸也不受影响，一般可以3~6个月复查一次电子喉镜，观察囊肿的变化情况。只要囊肿没有明显增大，就可以继续定期观察。
手术治疗方式
支撑喉镜下囊肿切除术：
这是比较常用的手术方法。患者需要在全身麻醉下进行手术，医生通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用器械将囊肿完整切除。这种手术创伤相对较小，术后恢复较快。一般来说，术后住院时间大概1~2天，术后需要禁声休息1周左右，之后声音可逐渐恢复正常。
低温等离子射频消融术：
利用低温等离子射频的能量，对会厌囊肿进行消融切除。与传统手术相比，这种方法出血少、术后疼痛轻、恢复更快。术后可能需要口服3~5天抗生素预防感染，并且要注意保持口腔清洁，避免食用辛辣刺激性食物。
术后注意事项
饮食方面：
术后1~2天建议吃冷流质饮食，像冷的牛奶、藕粉等，避免过热的食物刺激伤口引起疼痛或出血。之后可以逐渐过渡到温凉的半流质饮食，如粥、面条等，1周后再恢复正常饮食，但仍要避免吃坚硬、辛辣、刺激性强的食物。
口腔护理：
要保持口腔清洁，每次进食后可以用生理盐水或复方氯己定含漱液漱口，每天3~4次，这样可以减少口腔细菌滋生，预防伤口感染。
避免剧烈活动：
术后1个月内要避免剧烈咳嗽、用力屏气等动作，因为这些可能会导致手术部位出血或囊肿复发。如果出现咽喉疼痛加重、发热、呼吸困难等异常情况，要及时就医复诊。