肌肉萎缩的原因有多种。一般来说，神经源性因素是常见原因之一，比如运动神经元病，它会导致神经对肌肉的支配出现问题，进而引起肌肉逐渐萎缩，这种疾病目前尚无法完全根治，但早期发现和干预可能会延缓病情进展。
神经源性肌肉萎缩
脊髓病变： 像脊髓空洞症，会使脊髓内形成空洞，影响神经传导，从而造成相应部位的肌肉萎缩。患者可能会出现手部小肌肉逐渐无力、萎缩的情况。脑部病变： 脑部的肿瘤、脑卒中（脑梗死、脑出血）等病变，若影响到控制肌肉运动的神经通路，也会引发肌肉萎缩。例如脑卒中后，部分患者会出现患侧肢体肌肉萎缩。
肌源性肌肉萎缩
遗传因素导致的肌病： 一些遗传性的肌病，如杜氏肌营养不良症，多发生在男性儿童身上，由于基因缺陷，肌肉逐渐变性、萎缩，通常在儿童期就会出现症状，病情会进行性加重。自身免疫性肌病： 像多发性肌炎，是一种自身免疫介导的肌肉炎症性疾病，免疫系统错误地攻击肌肉组织，导致肌肉炎症、变性和萎缩，患者会有肌肉无力、疼痛、萎缩等表现，血液中肌酶水平可能会升高。
废用性肌肉萎缩
长期制动： 比如骨折后长时间打石膏固定，肢体不能正常活动，肌肉缺乏运动刺激，就会发生废用性萎缩。一般制动1个月左右，肌肉就可能出现明显的萎缩情况。缺乏运动： 长期卧床的患者，由于身体活动量极少，肌肉得不到有效的锻炼，也会逐渐萎缩。如果长期卧床超过2 - 3个月，肌肉萎缩的程度会比较明显。