肌肉萎缩的原因有多种。一般来说，神经源性因素是常见原因之一，比如运动神经元病，它会逐渐破坏支配肌肉的神经，导致肌肉无法得到正常神经信号的刺激，进而慢慢萎缩，这种病多见于40岁左右的人群。
神经源性因素导致肌肉萎缩
神经元病变影响： 像脊髓灰质炎病毒感染，会损害脊髓前角运动神经元，使得其所支配的肌肉失去神经调控，从而引发肌肉萎缩。另外，脑部的脑血管意外，如脑梗死、脑出血等，若损伤了控制运动的脑区，也可能导致相应支配区域的肌肉出现萎缩情况。
肌源性因素导致肌肉萎缩
遗传肌肉病影响： 杜氏肌营养不良症就是一种常见的遗传肌源性疾病，多发生在男性儿童身上，由于基因缺陷，导致肌肉逐渐变性、萎缩。还有多发性肌炎，这是一种自身免疫性疾病，免疫系统错误地攻击肌肉组织，引起肌肉炎症、坏死，长期发展就会导致肌肉萎缩。
废用性因素导致肌肉萎缩
长期不活动引发： 比如骨折后长期固定，患肢不能正常活动，肌肉得不到有效的锻炼和使用，就会发生废用性萎缩。一般固定1个月左右，肌肉就可能出现明显的萎缩迹象。还有长期卧床的患者，由于身体大部分时间处于平躺状态，肌肉缺乏运动刺激，也会慢慢发生萎缩。