结肠炎的用药需根据类型等因素来定。一般来说，对于轻中度溃疡性结肠炎，常用药物有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，发挥抗炎作用，不过可能会有恶心、呕吐等不良反应，且对磺胺过敏者禁用。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻中度溃疡性结肠炎，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸发挥抗炎作用，但部分人服用后可能出现恶心、呕吐等胃肠道反应，而且对磺胺类药物过敏者禁止使用。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有多种剂型，如美沙拉嗪肠溶片等，作用机制类似柳氮磺吡啶，相对来说不良反应可能相对少些，不过也可能引起胃肠道不适，对水杨酸类药物过敏者禁用。
糖皮质激素类
泼尼松： 属于糖皮质激素，对于重度结肠炎有较好的抗炎作用，能快速缓解症状，但长期使用可能会有较多副作用，比如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，所以需要在医生严密监测下使用，且不能自行随意增减剂量。氢化可的松： 也可用于结肠炎的治疗，一般通过静脉给药等方式，不过同样长期使用会带来像满月脸、水牛背等不良反应，并且有感染、糖尿病等基础疾病的患者使用时需谨慎。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤： 可用于结肠炎的维持治疗，它能抑制免疫反应，但起效相对较慢，可能需要数周甚至数月才能看到效果，而且服用期间需要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应，孕妇禁用。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也用于结肠炎的免疫抑制治疗，使用过程中同样要密切监测血常规和肝功能等，有严重肝肾功能不全者慎用。