慢性结肠炎的治疗药物需根据具体病情来选，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，一般成人常用剂量等需遵医嘱，它能缓解轻中度慢性结肠炎的症状。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：有口服制剂也有栓剂、灌肠剂等。口服美沙拉嗪适用于结肠型的慢性结肠炎，能在肠道局部发挥作用，减轻炎症反应。栓剂和灌肠剂则更针对直肠、乙状结肠部位的炎症，直接作用于病变局部。
糖皮质激素
泼尼松：对于病情较重的慢性结肠炎患者，可短期使用泼尼松等糖皮质激素。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，比如容易引起骨质疏松、感染风险增加等，所以需要严格在医生的指导下使用，根据病情调整剂量。地塞米松：也可用于慢性结肠炎的治疗，不过同样要注意其可能带来的不良反应，像可能导致血糖升高、消化道溃疡等问题，使用时需密切监测相关指标。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的慢性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要几周甚至几个月才能看到明显效果，而且使用过程中要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于慢性结肠炎的免疫抑制治疗，使用时同样要关注药物的副作用及定期复查相关指标。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片：可以调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，有助于慢性结肠炎患者肠道功能的恢复。它能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长，一般没有明显的毒副作用，适合长期调理肠道。枯草杆菌二联活菌颗粒：也能起到调节肠道菌群的作用，对于慢性结肠炎引起的肠道功能紊乱有一定的改善作用，儿童等特殊人群也可在医生指导下使用。