3个月宝宝睡觉不停摇脑袋可能由多种原因引起，比如环境因素、头部不适等。首先要观察宝宝头部是否有皮疹、湿疹等情况，若没有，可从以下方面考虑。
环境因素影响
温度不适： 宝宝睡觉的环境温度过高或过低都可能让宝宝不舒服而摇脑袋。一般来说，室内温度保持在22~25℃比较适宜，湿度在50%~60%左右。如果温度过高，宝宝会因为燥热而摇脑袋；温度过低，宝宝感觉冷也可能通过摇脑袋来表达不适。衣物不合适： 宝宝穿的衣服过多或过少也会导致摇脑袋。穿太多会让宝宝觉得热，穿太少会让宝宝觉得冷，这两种情况都会让宝宝通过摇脑袋来试图调整自身的舒适感。
头部皮肤问题
湿疹： 3个月的宝宝皮肤比较娇嫩，容易长湿疹。如果宝宝头部有湿疹，会因为局部瘙痒而在睡觉时不停摇脑袋。这时要注意保持宝宝头部皮肤清洁干燥，避免刺激湿疹部位。可以用温水轻轻擦拭宝宝头部，然后在医生指导下使用适合婴儿的湿疹膏。痱子： 当环境温度高且湿度大时，宝宝容易长痱子。头部出现痱子会让宝宝感觉痒，从而在睡觉的时候不停摇脑袋。要保持宝宝头部通风良好，可适当降低室内温度和湿度，让宝宝头部保持干爽。
耳部问题
耳内不适： 宝宝的耳部如果有耵聍（耳屎）过多或者有炎症等情况，会让宝宝感觉耳内不舒服，也可能导致睡觉不停摇脑袋。要注意观察宝宝耳部情况，如果发现耵聍过多，不要自行盲目清理，应及时带宝宝到医院由医生进行处理；如果怀疑有耳部炎症，也要尽快就医检查。